Nel 2015, insieme a Yoshiaki Nishimura e ad altri animatori lascia lo studio di Miyazaki e Takahata per intraprendere una nuova avventura e fondare lo Studio Ponoc del quale questo Mary e il fiore della strega è il lungo d'esordio firmato alla regia proprio da Yonebayashi. Il film non si discosta molto dai temi cari allo Studio Ghibli e a Miyazaki, nonostante Mary e il fiore della strega si riveli un bel film d'esordio pecca un poco di scarsa originalità e sembra seguire pedissequamente i dettami costruiti negli anni all'interno di Ghibli pur non toccandone le stesse vette creative. Il target è individuato in un pubblico di età preadolescenziale, l'eroina protagonista (prima caratteristica ereditata dalle esperienze precedenti) ricorda un po' la Kiki di Consegne a domicilio - torna anche la scopa volante - per l'empatia che può creare nel pubblico giovane soprattutto femminile, è presente in maniera forte l'elemento fantastico predominante nella pellicola, altro marchio di fabbrica dello Studio Ghibli.
Il racconto è tratto dal libro La piccola scopa della scrittrice inglese Mary Stewart, nel prologo si vede una giovane strega precipitare in un bosco con la sua scopa volante e venire inghiottita dalla vegetazione circostante. Anni dopo la preadolescente Mary si trasferisce dalla vecchia zia per passare l'estate prima dell'inizio della scuola; Mary è una bimba vivace, un po' pasticciona e combinaguai che si annoia terribilmente in quel posto dove non ci sono altri bambini (tranne Peter e i suoi gatti Tib e Gib). Un giorno, inseguendo nella foresta uno dei due gatti, Mary trova uno splendido fiore blu e una vecchia scopa abbandonata, l'unione di questi due elementi donerà alla ragazza la possibilità di volare in groppa alla scopa e di raggiungere involontariamente la scuola di stregoneria di Endor, retta da Madame Mumblechook e dal Dottor Dee, personaggi fantastici intenti in strani esperimenti con la natura. Dapprincipio Mary viene scambiata per una giovane strega di grande talento, i suoi capelli rossi sono segno di potenza a Endor, finalmente Mary trova una dimensione dove viene apprezzata e si sente, dopo tanti giorni di noia, coinvolta ed entusiasta. Ma non tutto a Endor è così fantastico come sembra.
In Mary e il fiore della strega abbiamo molte delle caratteristiche che abbiamo imparato ad apprezzare negli anni in cui si è sviluppata la storia dello Studio Ghibli, come spesso accade nei film di Miyazaki, ma anche nei precedenti di Yonebayashi, la protagonista è una bambina immersa in un mondo fantastico, anche alcune trovate visive sono un ritorno al passato (quella sorta di pesci volanti per esempio), il romanzo di formazione della protagonista incrocia tematiche ecologiche e legate alla natura qui concretizzatesi in alcune scene zeppe di animali in fuga, l'animazione si scosta un poco dal canone e si ritaglia una cifra un pochino più personale rispetto alla narrazione, pur rimanendo nei sentieri del già noto. Nel complesso abbiamo un bel film per ragazzi apprezzabile anche per il pubblico più adulto, non particolarmente originale ma comunque sempre accattivante e ben riuscito. Il film ha avuto un buon successo di pubblico incassando più dei precedenti film del regista realizzati per lo Studio Ghibli, un buon primo passo per mettere fondamenta solide che permetteranno, si spera, allo studio Ponoc di percorrere una strada più personale. Al momento c'è stata un'altra opera uscita poco dopo questa, Eroi modesti - Ponoc short film theatre, che è una raccolta di corti, l'idea di sperimentare anche con i formati lascia ben sperare in un futuro per il quale auguro allo studio di crearsi la stessa fama del suo predecessore e ora concorrente.